Keanekaragaman geologi Raja Ampat membentuk kekayaan habitat di kawasan tersebut, baik terestrial maupun marin. Hal tersebut yang menjadikan Raja Ampat memiliki mega-biodiversitas dan berbagai jenis flora dan fauna endemik yang tidak bisa ditemui di belahan bumi manapun.

For that reason, 66% of Raja Ampat's terrestrial area is a Nature Reserve or CA with 7 land conservation areas covering an area of 399,564 hectares consisting of CA Waigeo Barat, CA Waigeo Timur, CA Misool, CA Batanta, CA Salawati, CA Kofiau, and CA Torobi .

Keanekaragaman Hayati Terestrial

Teridentifikasi 9 habitat terrestrial yang tersebar di 4 pulau utama Raja Ampat, menyumbang keanekaragaman hayati berupa fauna dan flora endemik yang masih terjaga dengan baik dan alami. Hal tersebut yang menjadikan lebih dari setengah kawasan Raja Ampat menjadi kawasan konservasi.

Keanekaragaman hayati terrestrial Raja Ampat terdiri atas: 874 spesies tumbuhan yang 9 diantaranya adalah spesies endemik dan 6 spesiesnya dilindungi; dengan 360 spesies diantaranya adalah pohon. Lalu terdapat 114 spesies herpetofauna dengan 5 spesies diantaranya adalah spesies endemik dan 5 spesies lainnya dilindungi. Juga terdapat 47 spesies mamalia dengan diantaranya terdapat 1 spesies endemik dan 3 spesies lainnya dilindungi. Dan yang terakhir, terdapat 274 spesies burung dengan 6 spesies diantaranya adalah endemik, dan 8 spesies juga masuk dalam kategori dilindungi.

Keanekaragaman Hayati Laut

The Coral Triangle or commonly known as the World's Coral Triangle Region is an area of nearly 4 million square miles covering the oceans and coastal waters of Southeast Asia and the Pacific that surrounds Indonesia, Malaysia, Papua New Guinea, the Philippines, Timor Leste and the Solomon Islands. This area is home to the greatest marine biodiversity on earth. It is home to 75% of the world's coral species and about 2,500 fish species. This biodiversity and environment is formed by the complexity of geology and volcanic activity known as the "Ring of Fire".

Indonesia became part of the Coral Triangle Region when its declaration was also signed by President Susilo Bambang Yudhoyono at the World Ocean Conference (WOC) on May 15, 2009 in Manado. And, the location in this area has earned Raja Ampat the nickname "The Heart of Coral Triangle".

As the heart of the world's coral triangle, this marine area has unrivaled wealth, including: 540 hard coral species (more than 75% of the world's coral species); 60 types of crayfish; 1,070 types of reef fish; 699 types of soft animals (mollusks). This is the reason why the water conservation area in Raja Ampat is so wide, both regionally and nationally, which is then grouped into 5 areas.

Sejumlah 5 Kawasan Konservasi Perairan Daerah atau KKPD tersebut tercatat seluas 1.125.940 hektar yaitu KKPD Selat Dampier, KKPD Teluk Mayalibit, KKPD Ayau-Asia, KKPD Kofiau dan KKPD Misool Timur Selatan. Selain itu juga terdapat 2 Kawasan Konservasi Perairan Nasional atau KKPN seluas 185.000 Hektar yang selanjutnya disebut Suaka Alam Perairan atau SAP yang terdiri atas SAP Kepulauan Waigeo Sebelah Barat dan SAP Kepulauan Raja Ampat.

The complexity of Raja Ampat's underwater geology also creates underwater caves that have their own aesthetic value. Underwater caves and fracture channels as well as seeps that connect these caves make this area one of the best diving spots in the world.

Selain itu, penemuan fosil hidup yaitu ikan Raja laut atau Coelacanth (punah 66 juta tahun lalu) dimana tersisa dua spesies di dunia yang ditemukan di Afrika dan Sulawesi utara, juga ditemukan di Raja Ampat pada tanggal 2 Juli 2018.