Untuk mengimplementasikan visi, misi, dan tujuan pembangunan yang ada, Geopark Raja Ampat menyusun 31 program yang diklasifikasikan berdasarkan misi yang ada, sebagai berikut.
Misi tentang GEOLOGI
Mewujudkan terlindunginya warisan geologi dan melestarikannya secara berkelanjutan melalui edukasi dan pengembangan geowisata, serta menguatkan peran berbagai pihak melalui edukasi pengurangan resiko bencana geologi di Raja Ampat, dapat dicapai melalui 11 Program
Mission on BIODIVERSTY
Mewujudkan konservasi dan edukasi keanekaragaman hayati beserta ekosistemnya dan pemahaman perubahan iklim, serta melestarikannya secara berkelanjutan untuk kesejahteraan masyarakat lokal di Raja Ampat, dapat dicapai melalui 11 program
Misi tentang BUDAYA
Mewujudkan penguatan & pelestarian warisan budaya secara berkelanjutan untuk kesejahteraan masyarakat lokal di Raja Ampat, dapat dicapai melalui 5 program
Misi tentang KELEMBAGAAN
Mewujudkan geowisata berkelanjutan dengan tata kelola yang profesional, dengan penguatan peran masyarakat lokal dan jejaring lokal maupun global, untuk pertumbuhan ekonomi masyarakat di Raja Ampat, dapat dicapai melalui 4 program
©2022 Raja Ampat Geopark Management Body.
Seluruh hak cipta.
Indonesian 
English