Gua Mudin di Waigeo ini adalah gua fosil bertingkat yang mempunyai ukuran cukup besar. Beragam jenis dan ukuran speleotem (stalaktit, stalakmit, flowstone) menghiasi atap, dinding dan dasar lorong. Air jenuh kalsium karbonat dari atap gua yang menetes di permukaan bongkah batuan hasil peruntuhan dari atap dan dinding lorong sering menghasilkan lapisan berwarna putih mengkilap. Air juga ke luar dari beberapa ujung stalaktit yang masih aktif terbentuk. Di area dasar gua terdapat sedimen berwarna coklat muda bercampur dengan endapan fosfat guano. Fosfat guano dihasilkan oleh reaksi antara kotoran dan air kencing kelelawar dengan batu gamping. Gua ini belum dipetakan secara rinci.