Situs bentang alam ini terletak didalam Teluk Kabui di bagian barat selatan Waigeo, yang dibentuk dari daratan utama dan Pulau Gam oleh batu gamping Formasi Waigeo dengan ciri khas pulau-pulau kecil (sea-stacks) dengan berbagai ukuran yang ukurannya cukup besar dipisahkan satu sama lain oleh perairan dangkal yang berkedalaman antara 10-20 m. Beberapa pulau mempunyai bentuk bangun yang unik, misalnya seperti pensil, wajah manusia dan sebagainya. Kekar-kekar berarah timurlaut-baratdaya membatasi sebagian pinggiran pulau, sehingga membentuk dinding tegak setinggi rata-rata 10 m. Beberapa pulau berdinding tegak ini terpotong oleh sesar timurlaut-baratdaya, contoh di Batu Pensil.

Sebagian permukaan batu gamping ditutupi oleh lapisan oker berwarna jingga hingga merah tua. Lapisan itu merupakan endapan dari larutan yang ke luar melalui percelah-retakan batuan. Menurut dugaan, Batu gamping seperti ini mengandung besi dan magnesium. Ostrea yang menempel di permukaan dinding pulau-pulau batu gamping tersebar di berbagai ketinggian. Ostrea yang masih hidup berada di bawah pengaruh pasang surut, sementara yang mati terletak di ketinggian hingga 5 m di atas rerata muka laut. Oleh karenanya, jenis moluska ini dapat dipakai untuk menciri paras laut purba. Ostrea juga dapat digunakan untuk memperkirakan kecepatan rata-rata pengangkatan di daerah ini, yaitu dengan membagi ketinggian letak ostrea mati dari rerata muka laut dengan umur cangkang ostrea. Kajian yang pernah dilakukan menghasilkan kecepatan pengangkatan yang besarnya berkisar antara 1,2-1,5 cm/ tahun (Samodra, 2017).