Situs warisan geologi Waiwo ini memiliki bentuk unik, yaitu seperti wajah. Hal ini dikarenakan singkapan Batu gamping Formasi Waigeo ini mengalami pelarutan di bagian permukaannya, dimana hasil pelarutan ini dikendalikan oleh retakan-retakan yang ada. Sehingga sebuah karakter wajah terbentuk dan dapat dilihat hingga kini. Selain itu, di dasar bongkahan Batu gamping ini kerap dijumpai sedimen pasiran yang banyak dengan mengandung cangkang moluska, seperti Lepidocyclina, Ephipiodes (Jones & Chapman), Miogypsina sp., Flosculinela sp., Lepidocyclina sp., Cycloclypeus sp., dan Globigerinoides immaturus (LeRoy). Batu gamping ini terbentuk di laut dangkal dengan diperkirakan berumur Miosen Tengah-Akhir. Batu gamping ini pun bersentuhan secara stratigrafi tidak selaras dengan perselingan Batu pasir dan Batu lanau lapuk dari Formasi Rumai.